目的 通过RNA测序（RNA-seq）研究抗菌肽KT2治疗溃疡性结肠炎（UC）小鼠的分子机制。方法 用葡聚糖硫酸钠（DSS）构造小鼠UC模型，将60只小鼠随机分为对照组、DSS组、KT2组、mCRAMP组和美沙拉嗪组5组，每组12只。评估小鼠结肠炎症程度。从对照组、DSS组和KT2组中每组随机选4只小鼠的结肠组织进行测序，鉴定差异表达基因（DEGs）并进行基因富集分析，随后用定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）进行验证。结果 KT2组小鼠炎症程度比mCRAMP组和美沙拉嗪组更低；KT2组与DSS组相比，共得到113个DEGs，其中下调DEGs71个，上调DEGs42个。基因富集分析显示下调DEGs主要与胶原代谢有关，上调DEGs主要与生物氧化有关，筛选出差异较大且研究甚少的DEGs进行qRT-PCR验证，发现Foxp3、FUT4、IFRD1、VEGF在DSS干预后表达下调，经抗菌肽KT2治疗后表达上调；Arg2、FXR在DSS干预后表达上调，经抗菌肽KT2治疗后表达下调。结论 抗菌肽KT2治疗UC小鼠效果优于mCRAMP和美沙拉嗪；抗菌肽KT2可能通过上调Foxp3、FUT4、IFRD1、VEGF以及下调Arg2、FXR的表达治疗UC小鼠，提示上述基因可能参与抗菌肽KT2治疗UC的分子机制。