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◇ 统计源期刊
◇ 北大核心
文章类型：
机构：
[1]昆明医科大学实验动物学部,昆明,650500
[2]昆明医科大学技术转移中心,昆明,650031
[3]昆明医科大学第一附属医院,昆明,650032
昆明医科大学附属第一医院
出处：
ISSN：
关键词：
树鼩
大肠细菌
IlluminaPE250
多样性
摘要：
目的 应用高通量测序技术分析树鼩大肠细菌的结构与组成.方法 采集3只雄性树鼩大肠内容物,用细菌16SrDNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina PE250平台测序.结果 共获得160157条有效序列,聚类后得437个运算分类单位(operational taxonomic units,OTUs).树鼩大肠中的细菌有9个门、19个纲、37个目、68个科、137个属和194个种.其中,①厚壁菌门和变形菌门的丰度最高,分别为63.30％和28.52％;②优势纲是芽孢杆菌纲和γ?变形菌纲(51.46％、28.02％);③乳杆菌目和肠杆菌目的丰度最高,为45.33％和27.51％;④优势科是乳杆菌科(35.30％)和肠杆菌科(27.51％);⑤乳杆菌属和埃希氏菌属为优势属(35.30％、27.49％);⑥在种的水平,可培养细菌的丰度为37.10％,未分类细菌27.69％,不可培养细菌35.21％.可培养细菌中,唾液链球菌的丰度最高(26.66％).在丰度最高的20个种中,8种细菌(40％)未分类,为以往未被发现的新种.个体间细菌群落存在一定差异.结论 树鼩大肠内容物中的细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究.
基金：
国家自然科学基金资助项目(81460647)%云南省应用基础研究计划项目(2017FE468?014,2017FE468016)%云南省教育厅科学研究基金项目(2018Y048)
第一作者：
第一作者机构：
[1]昆明医科大学实验动物学部,昆明,650500
[2]昆明医科大学技术转移中心,昆明,650031
推荐引用方式(GB/T 7714)：
郭玉倩,角建林,袁鑫,等.树鼩大肠内容物细菌的群落多样性分析[J].中国比较医学杂志.2018,28(09):7-13+32.
