目的 通过对直肠拭子主动筛查出的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌（Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE）和对应患者感染后分离出的CRE进行配对分析研究，以探讨CRE定植和感染之间的分子特征异同，为临床CRE感染的防控提供帮助和指导。方法 采集2021年1月至2021年12月住院患者直肠拭子标本进行CRE菌株筛查。监测筛查阳性患者的感染发生情况，对感染菌株及其定植菌株同时进行多位点序列分型、耐药基因和毒力基因检测，并进行测序分析。结果 CRE主动筛查定植率为2.41%（75/3116），其感染率为45.3%（34/75）。碳青霉烯酶耐药基因检出以blaKPC为主：定植组blaKPC（25/34）、blaOXA48（9/34），感染组blaKPC（25/34）、blaOXA48（10/34），检出率P＞0.05;ST分型以ST11型检出率最高，定植组ST11型（25/34）、ST231型（9/34），感染组ST11型（25/34）、ST231型（9/34），检出率P＞0.05。毒力基因检出率较高的为：定植组mrkD（34/34）、uge（32/34）、fimH（33/34）、wabG（32/34）、entB（32/34），感染组mrkD（34/34）、fimH（31/34）、uge（34/34）、wabG（31/34）和entB（30/34），检出率P＞0.05。定植菌是否发生感染与毒力基因uge、iucA、iutA、rmpA和iroB相关，P≤0.05。结论 肠内定植CRE与其感染CRE之间高度同源，主动筛查是防控CRE感染的重要举措，通过CRE主动筛查对高危人群预防CRE感染意义重大。