目的 检测和分析手足口病和腹泻病患儿肠道EV71和基因分型.方法 收集2007和2008年10～12月30名腹泻患儿和2009年4～6月40名手足口病患儿的粪便标本,同时收集手足口病患儿的临床资料.用试剂盒提取粪便标本病毒RNA,用PCR荧光探针法对上述标本进行EV71的检测;对EV71阳性的标本进行VP1基因节段的RT-PCR,选EV71感染重症和轻症各3份的阳性标本扩增产物纯化后进行核苷酸序列测定和分析,结果与GenBank中的EV71参考毒株进行比较,并依据VP1片段构建种系发生树;应用SPSS13.0软件进行对比统计分析.结果 (1) EV71的感染:40例手足口病患儿的粪便标本,27例EV71阳性,阳性率为67.5%.30例腹泻患儿的粪便标本中,1例EV71阳性,阳性率为3.3%.40例手足口病的患儿中:轻症23例,EV71阳性率52.17%(12/23);重症17例,EV71阳性率88.24%(15/17),两者的差异具有统计学意义(P＜0.05).(2)EV71的基因分型:本次EV71均为C基因型,与中国大陆流行的基因型基本一致.与A、B基因型参考毒株的核苷酸同源性分别为39.7%～41.3%和83.3%～84.9%;而与C基因型中的C4亚株代表株的核苷酸同源性高达90.5%～96.4%;在种系进化树上证实本次分离到的EV71毒株属于C4亚型.(3)EV71核苷酸同源性的区域性:本次分析的6毒株其核苷酸同源性达92.6%～100%,与2008年昆明的3株参考株比较,核苷酸同源性为92.6%～99.2%.与2008年安徽、深圳、山东、武汉和北京等省份的分离毒株比较,核苷酸同源性为91.8%～99.2%;与匈牙利、澳大利亚、日本、马来西亚、新加坡等地流行时的毒株比较,核苷酸同源性为80%～86.5%;与2008年广州、浙江和2009年上海的分离毒株比较,核苷酸同源性为45.1%～45.9%.结论 EV71是昆明2009年手足口病的主要病原之一.秋冬季腹泻患儿存在EV71的感染,但感染率低.本次的EV71感染均为C基因型,属C4亚型,其核苷酸同源性与国内外流行时的毒株各有不同.