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◇ 统计源期刊
◇ 北大核心
◇ CSCD-E
文章类型:
机构:
[1]昆明医科大学第一附属医院检验科云南省实验诊断研究所云南省检验医学重点实验室,云南昆明650032
昆明医科大学附属第一医院
省级研究所
云南省实验诊断研究所
[2]云南省肿瘤医院昆明医科大学第三附属医院血液科,云南昆明650118
[3]云南省肿瘤医院昆明医科大学第三附属医院检验科,云南昆明650118
出处:
ISSN:
关键词:
生物信息学
急性髓系白血病
竞争内源性RNA
基因芯片
摘要:
目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA (ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA (lncRNA)进行筛选。采用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测差异表达的lncRNA与miRNA以及差异表达的mRNA与miRNA之间的调控关系。采用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,采用基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行富集分析,采用CytoHubba插件筛选核心基因,即Hub基因。采用GEPIA数据库比较AML患者和正常对照者中前10个Hub基因的表达,绘制Hub基因的生存曲线。结果:与正常对照者比较,AML患者中有1 105个mRNA和387个lncRNA存在差异表达。构建的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络由45个lncRNAs、31个miRNA和89个mRNA组成。GO分析,差异基因所调节的功能主要有膜微结构域调节、谷氨酸受体结合和上皮细胞增殖调节等。KEGG分析,19条通路被富集,其中包括转录调控、蛋白聚糖调控和Ras信号通路等。通过CytoHubba共筛选出GATA结合蛋白3 (GATA3)、WT1转录因子(WT1)和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)等前10个连接度最高的Hub基因。采用GEPIA数据库验证GATA3、WT1、PPARG、MYB原癌基因(MYB)、性别决定相关的高迁移率基因群4 (SOX4)和E2F7存在差异表达。E2F7低表达组患者生存率高于E2F7高表达组(P=0.028)。结论:筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA所构成的ceRNA网络可能促进了AML的发生发展。
基金:
云南省科技厅应用基础研究计划重点项目(2018FA043); 云南省科技厅- 昆明医科大学联合专项
(202001AY070001-239)
第一作者:
第一作者机构:
[1]昆明医科大学第一附属医院检验科云南省实验诊断研究所云南省检验医学重点实验室,云南昆明650032
通讯作者:
推荐引用方式(GB/T 7714):
潘玉卿,孙运艳,李轶勋,等.基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析[J].吉林大学学报(医学版).2021,47(03):669-676.