资源类型:
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◇ 统计源期刊
◇ 北大核心
◇ CSCD-E
文章类型:
机构:
[1]昆明医科大学第一附属医院麻醉科
外科科室
麻醉手术科(医技)
昆明医科大学附属第一医院
出处:
ISSN:
关键词:
rno-miR-181b-5p
靶基因
生物信息学
内皮细胞特异性分子1
摘要:
目的:对Small RNA测序中筛选出的rno-miR-181b-5p进行靶基因预测、生物信息学分析及鉴定,以期为miR-181b-5p在胆绿素治疗大鼠脑缺血再灌注损伤中的生物学作用奠定基础。方法:分别用TargetScan、miRDB、miRwalk 3个数据库预测rno-miR-181b-5p的靶基因,取3个数据库的交集靶基因进行基因功能富集分析(gene ontology)及信号通路富集分析(KEGG pathway analysis)。采用双荧光素酶基因报告实验对靶基因进行验证,同时通过RT-QPCR和Western blot检测大鼠血管内皮细胞中过表达miR-181b-5p后内皮细胞特异性分子1(Esm1)的表达变化。结果:3个数据库交集的靶基因共有28个,这些交集靶基因主要富集于调节刺激反应(P=0.013)、调节细胞增长(P=0.014)、积极调控(P=0.048)等生物过程GO条目中;而细胞成分层面主要富集于细胞内膜结合细胞器(P=0.045)、黏附连接(P=0.049)等GO条目中;分子功能层面,靶基因主要富集于与mRNA5’-UTR结合(P=0.017)、受体结合(P=0.032)、蛋白质结合(P=0.046)等GO条目中。信号通路主要富集于突触小泡循环(P=0.024)、基础转录因子(P=0.040)、RIG-I样受体信号通路(P=0.047)等通路中。双荧光素酶基因报告实验结果揭示了miR-181b-5p可以靶向调控Esm1基因。另外,RT-QPCR和Western blot结果显示在大鼠血管内皮细胞中过表达miR-181b-5p可负向调控Esm1。结论:rno-miR-181b-5p可能通过靶向调控Esm1基因而在胆绿素治疗大鼠脑缺血再灌注损伤中发挥生物活性作用。
基金:
国家自然科学基金资助项目(编号:81760248. 81960250);
云南省应用基础研究重点资助项目(编号:2018FA042);云
南省高层次人才培养资助项目(编号:D- -201632);云南产
业技术领军人才培养资助项目(编号:YLXL20170054);俞
卫锋专家工作站资助项目(编号:20171C067);云南省应
用基础研究联合资助项目(编号:2017FE468(-034));云南
省教育厅科学研究基金资助项目(编号:2019J1250);昆明
医科大学研究生创新基金资助项目(编号:2019S030)。
基金编号:
编号:81760248. 81960250
第一作者:
第一作者机构:
[1]昆明医科大学第一附属医院麻醉科
通讯作者:
推荐引用方式(GB/T 7714):
罗靖,彭丽佳,邵建林,等.miR-181b-5p在胆绿素治疗脑缺血再灌注损伤中的靶基因预测及鉴定[J].重庆医科大学学报.2021,46(10):1248-1254.